St. Jude Cloud: partilhar dados para curar o cancro infantil

Num esforço para curar o cancro pediátrico, o St. Jude’s Children’s Research Hospital, nos Estados Unidos, criou uma base de dados que pretende fomentar a partilha de informações entre investigadores de todo o mundo.

Partilhar dados de uma maneira que seja útil é um dos objetivos chave das organizações hoje em dia. No St. Jude’s Children’s Research Hospital, o esforço para partilhar dados com outros investigadores tem um objetivo ainda mais nobre: ​​ajudar a curar cancros pediátricos.

Desde que foi fundada, em 1962, por Danny Thomas, esta instituição já ajudou a melhorar as taxas de sobrevivência do cancro infantil de 20% para 80%, de acordo com a organização.

Mas esta missão, que continua até aos dias de hoje, foi levada até “ao próximo nível” com a criação do St. Jude Cloud, em abril de 2018, uma base de dados que pretende ser uma ferramenta útil para outros investigadores no âmbito da oncologia.

O St. Jude Cloud é a maior base de dados publica sobre o cancro infantil e genómica, de acordo com a organização.

Edward Suh, diretor administrativo do Research Information Services no St. Jude e o criador deste projeto, explicou que, entre os dados partilhados na base de dados, está o chamado Projeto Genoma Pediátrico, desenvolvido a partir da pesquisa sobre o cancro que a organização tem vindo a realizar ao longo dos anos.

“Partilhar os dados não foi tão fácil quanto pode parecer. No início, demorava-se muito tempo a fazer o download do conjunto de dados, devido ao seu tamanho; para além disso, havia também um processo de aprovação manual, pelo que os investigadores não conseguiam ter acesso aos dados”, disse Edward Suh.

Para aliviar esses problemas, o St Jude decidiu colocar esses dados na chamada cloud, ou nuvem. Mas os desafios eram muitos: o enorme volume de dados; a largura de banda de rede necessária; e as ferramentas que exigiriam uma compreensão dos dados disponíveis.

Para tentar solucionar estas questões, o St. Jude fez uma parceria com a Microsoft Azure e com a DNAnexus; a organização também possibilitou a verificação de dados a investigadores externos, oferecendo ferramentas de mineração de dados, análise e visualização, todas acessíveis pela Web, sem que haja a necessidade de fazer o download de dados.

Mas os desafios não foram apenas tecnológicos.

O St. Jude também enfrentou um desafio semelhante para muitas organizações de dados e análises – encontrar e recrutar a combinação certa de pessoas talentosas para trabalhar no projeto, ou seja, encontrar pessoas com conhecimentos que abrangessem desde a tecnologia à investigação sobre o cancro infantil.

Esses profissionais ajudaram a criar um sistema que permite aos cientistas explorar os dados sobre o cancro pediátrico fornecidos pelo St. Jude.

Desde a sua introdução que o St. Jude Cloud tem sido um sucesso, com mais de 854 investigadores de 500 instituições diferentes a explorarem os dados. Além disso, a plataforma já foi visitada por mais de 35 mil utilizadores.

Fonte: Information Week

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