Investigadores do St. Jude Children’s Research Hospital, nos Estados Unidos, podem ter redefinido o padrão de testes de diagnóstico de pacientes com cancro infantil na era da medicina de precisão ao implementarem um novo teste.
Os resultados do estudo foram publicados na revista Nature Communications.
A investigação mostrou que incorporar o sequenciamento do genoma completo em testes genómicos clínicos levou à identificação de mutações adicionais que causam o cancro em quase metade dos pacientes deste estudo.
Estas mutações não puderam ser identificadas sequenciando apenas as regiões codificadoras de proteínas do genoma (exoma) e a expressão génica (transcriptoma).
O estudo piloto incluiu 78 crianças e adolescentes com uma ampla variedade de cancros que que foram tratados no St. Jude Children’s Research Hospital e que passaram por extensos testes de diagnóstico.
A pesquisa lançou as bases para o teste clínico genómico agora oferecido a cada novo paciente pediátrico com cancro no hospital. O esforço incluiu o desenvolvimento de um portfólio clínico para analisar, validar e identificar resultados clinicamente significativos em tempo hábil.
“Esta pesquisa oferece um novo padrão ouro para testes clínicos genómicos e enfatiza a necessidade crítica de incorporar o sequenciamento do genoma inteiro em testes clínicos e tratamento de pacientes pediátricos com cancro”, afirmaram os cientistas.
O sequenciamento do genoma completo envolve determinar a ordem exata dos 3 mil milhões de bases químicas que compõem o ADN humano, a molécula que codifica as instruções para a montagem e sustentação da vida.
Embora o sequenciamento do genoma completo ofereça a avaliação mais abrangente das diferenças entre o genoma normal do paciente e o do cancro, este método ainda não é utilizado para uso clínico generalizado, em parte devido ao custo e à pontualidade dos resultados dos testes.
Atualmente, o teste clínico com sequenciamento de última geração geralmente envolve uma análise integrada de sequenciamento mais limitado de todo o exoma e do transcriptoma total, também conhecido como sequenciamento de RNA.
O exoma equivale entre 1 a 2% do genoma que codifica instruções para a montagem de proteínas; já o transcriptoma identifica genes que estão a ser expressos.
Este estudo comparou resultados de testes clínicos que integraram o sequenciamento de todo o genoma e de todo o exoma de tumores de pacientes e ADN normal mais todo o transcriptoma do ADN do tumor, com resultados quando a análise foi limitada ao exoma e transcriptoma.
Para 47% dos pacientes, os testes clínicos que incluíram o sequenciamento do genoma completo identificaram mutações conhecidas ou prováveis de cancro que não foram detetadas em testes com todo o exoma completo e o sequenciamento completo do transcriptoma.
Os testes que incluíram os três métodos de sequenciamento detetaram 99% de mutações causadoras de cancro conhecidas ou suspeitas, em comparação com 78% das mutações identificadas nos testes com o exoma total e o transcriptoma total isoladamente.
As alterações genómicas que dão origem ao cancro variam amplamente. As mutações do cancro incluem mutações pontuais no código genético, variações estruturais causadas por rearranjos cromossómicos e deleção ou adição de segmentos de ADN.
“Diferentes métodos de sequenciamento são melhores para identificar diferentes alterações”, explicaram os investigadores, que acrescentaram que o sequenciamento do genoma completo é a melhor abordagem para encontrar certas mutações que são amplamente observadas em casos de cancro infantil.
“Esperamos que os métodos de sequenciamento combinados forneçam uma visão abrangente das alterações genéticas no cancro de uma criança que são mais importantes para as decisões de tratamento e também para servir como um mecanismo de descoberta da base genética de cancros infantis incomuns”, disseram.
