Através de uma nova estratégia computacional, investigadores da Universidade do Texas, nos Estados Unidos, identificaram 29 alterações genéticas que podem contribuir para o rabdomiossarcoma, um tipo de cancro infantil agressivo.
O grupo usou a análise Bayesiana, um método para inferência estatística, em conjunto com a triagem usando CRISPR / Cas9, a tão anunciada ferramenta de edição de genes, para confirmar as previsões estatísticas.
O seu trabalho ajuda a explicar “o motor” que conduz à formação do rabdomiossarcoma e sugere tratamentos potenciais. Além disso, este método de pesquisa pode ser usado para identificar fatores genéticos de outros tipos de cancro.
Quase todos os genes ocorrem nas células como pares. Esta pesquisa concentrou-se em genes para os quais havia apenas uma cópia ou para os quais havia três ou mais cópias.
“Descobrimos a ideia de que a expressão alterada de genes-chave do cancro pode ser causada por amplificações genómicas de número de cópias ou perdas. Assim, desenvolvemos um novo algoritmo computacional chamado iExCN que consegue prever genes cancerígenos baseados em números de cópias genómicas e dados de expressão génica”, disseram os cientistas.
O trabalho também utilizou várias novas ferramentas experimentais, incluindo a tecnologia de triagem CRISPR / Cas9, para verificar a função desses genes previstos no rabdomiossarcoma.
“O algoritmo iExCN foi desenvolvido com base na estatística bayesiana, que é fundamentalmente diferente das metodologias estatísticas comummente usadas e geralmente fornece estimativas mais precisas de associações estatísticas, embora envolva uma computação mais complicada e um maior tempo de processamento”.
O rabdomiossarcoma, um cancro do músculo esquelético em desenvolvimento, é o cancro de tecidos moles mais comum em crianças. Usando o algoritmo para analisar dados genómicos de 290 tumores de rabdomiossarcoma, os especialistas identificaram 29 genes associados, muitos dos quais não haviam sido previamente associados ao rabdomiossarcoma.
Os especialistas utilizaram o CRISPR / Cas9 para verificar estas causas genéticas estatisticamente previstas de rabdomiossarcoma.
“Entre os genes validados de rabdomiossarcoma, o EZH2, o CDK6 e o RIPK2 são particularmente dignos de uma investigação mais aprofundada, porque já existem medicamentos que visam esses genes aprovados pelo regulador de saúde norte-americano (FDA) ou em ensaios clínicos”, disseram os investigadores.
“Estamos a explorar novas estratégias para terapias direcionadas que se concentrem nesses genes; mas, e mais importante, nosso estudo representa uma abordagem geral que pode ser aplicada para identificar condutores oncogénicos e genes supressores de tumor em outros tipos de cancro para os quais nós anteriormente falhámos em descobrir vulnerabilidades direcionadas”, concluíram.
O estudo foi publicado na Cell Reports.
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