Investigadores do Children’s Hospital Los Angeles (CHLA), nos Estados Unidos, desenvolveram um exame inovador de biópsia líquida, denominado Low-Pass WGS Liquid Biopsy Assay, que usa o sequenciamento de genoma inteiro para ajudar a diagnosticar ou fornecer informações prognósticas para tumores sólidos pediátricos.
Num artigo publicado na revista NPJ Precision Oncology, os investigadores explicaram que testaram o exame em 143 amostras de 73 pacientes com sarcomas de tecidos moles ou tumores de células germinativas, hepáticos, da tireoide ou renais recém-diagnosticados ou recorrentes, juntamente com amostras de 19 pacientes de controlo sem cancro.
O exame foi desenvolvido para rastrear alterações no número de cópias e fusões de genes em ADN circulante (cfDNA) encontrado no humor aquoso, líquido cefalorraquidiano e amostras de sangue. O CHLA lançou o exame no final de 2022 e, até ao momento, realizou a análise em contexto clínico em cerca de dez pacientes.
Exame revela “grande êxito”
“Tivemos um grande êxito até agora com este exame”, afirmou Jaclyn Biegel, autora principal do artigo. “Os números são pequenos, mas tem sido muito útil para identificar pacientes cujo diagnóstico não é claro, como distinguir hepatoblastoma de sarcoma embrionário do fígado ou identificar características de mau prognóstico em pacientes com retinoblastoma. Este ensaio complementou os nossos exames padrão de diagnóstico que fazemos no laboratório”, acrescentou.
Durante o estudo, os cientistas primeiro avaliaram se o exame poderia detetar o ADN tumoral circulante (ctDNA) e alterações no número de cópias. Foi possível verificar que foi capaz de detetar ctDNA em 70 por cento das amostras de diagnóstico, ou amostras de pacientes recolhidas no diagnóstico inicial antes da quimioterapia ou cirurgia definitiva, e em 43 por cento das amostras de recaída, ou amostras de pacientes que se inscreveram após a recaída. Das amostras diagnósticas, 67 por cento dos pacientes com doença localizada e 80 por cento dos pacientes com doença metastática registaram alterações no número de cópias detetadas pelo exame.
Em seguida, avaliaram se o exame poderia identificar alterações no número de cópias associadas a tipos específicos de tumor. Entre 17 pacientes com osteossarcoma, a análise pode detetar instabilidade genómica, uma característica da doença, em 53% dos pacientes. De 13 pacientes com sarcoma de Ewing, alterações no número de cópias foram identificadas em nove pacientes, com sete pacientes a mostrar alterações no cromossoma 8, uma anormalidade frequentemente observada nessa patologia.
Em outros tipos de tumor, as alterações no número de cópias foram detetáveis em 75 por cento dos pacientes com tumor renal recém-diagnosticados e em todos os cinco pacientes com tumor renal recidivante. Todos os três pacientes com tumor de células germinativas recém-diagnosticado e um dos dois pacientes com tumor de células germinativas em recidiva apresentaram alterações detetáveis.
Três dos quatro pacientes com tumores hepáticos apresentaram alterações detetáveis no número de cópias no momento do diagnóstico. O exame também identificou alterações num paciente com tumor maligno da bainha do nervo periférico, num paciente com rabdomiossarcoma alveolar e num paciente com sarcoma de células sinoviais. Nenhum dos dois pacientes com tumores de tireoide apresentou alterações detetáveis.
Dos 59 pacientes que apresentaram alterações identificáveis, 34 pacientes (69 por cento) exibiram perfis anormais de alteração do número de cópias revelados pelo exame, em comparação com 49 perfis anormais identificados na análise de tecido tumoral.
Por último, os cientistas avaliaram se o exame poderia detetar variantes patogénicas e translocações. Havia dados internos de sequenciamento de próxima geração (NGS) do programa OncoKids do CHLA disponíveis para 53 pacientes no estudo, 26 dos quais tinham mutações em oncogenes clinicamente significativos.
Em comparação, o exame Low-Pass WGS Liquid Biopsy Assay foi capaz de identificar variantes patogénicas em 14 pacientes, cerca de metade do NGS. As mutações identificadas pelo WGS incluíram alterações em TP53, RB1, NF1, KIT e KRAS. Os investigadores observaram que são necessários mais estudos para determinar se o novo exame é clinicamente viável para detetar essas mutações ou se requer um ensaio baseado em NGS direcionado.
Uma nova versão do exame está a ser desenvolvida
A primeira versão do exame foi lançada no final de 2022. Mas os cientistas estão a desenvolver agora uma segunda versão que pode, adicionalmente, rastrear mutações e fusões de genes, o que é importante quando em causa está o cancro pediátrico.
Foram também desenvolvidas duas vias de análise direcionada com base no exame WGS para identificar as fusões EWSR1 e FOXO1 que podem ajudar a diagnosticar o sarcoma de Ewing e o rabdomiossarcoma alveolar, respetivamente. Verificou-se que o WGS direcionado pôde detetar fusões EWSR1 em dez dos 12 pacientes com sarcoma de Ewing que tiveram essas mutações previamente confirmadas pelo NGS no âmbito do OncoKids. Outras análises direcionadas continuarão a ser desenvolvidas para outros tipos de tumor, destacaram os investigadores.
Os cientistas esperam continuar a publicar mais dados que validem a utilidade clínica deste exame inovador. O próximo estudo terá como foco o uso de líquido cefalorraquidiano para realização de biópsia líquida em pacientes com tumores cerebrais, e o seguinte irá explorar formas de monitorizar a resposta ao tratamento e detetar sinais precoces de recaída, avançaram ainda.
Fonte: Precision Oncology News
