Cancro Infantil: estudo mostra utilidade da análise de expressão génica

Analisar a expressão génica em células tumorais de crianças com cancro tem maior probabilidade de revelar alvos para terapia do que análise de mutações no ADN, de acordo com um novo estudo liderado por cientistas da Universidade da Califórnia, nos Estados Unidos.

O estudo, publicado na revista JAMA Network Open, analisou 144 amostras de tumores de 128 pacientes com cancro infantil.

Para um número crescente de pacientes com cancro, os médicos analisam as mutações genéticas específicas no tumor do paciente para ajudar a selecionar o melhor tratamento. Nas crianças, no entanto, esse tipo de perfil genético dos tumores tem muito menos probabilidade de revelar um alvo para a terapia, de acordo com os cientistas.

“No caso do cancro infantil, geralmente não é uma mutação no ADN que causa a doença, mas um erro no desenvolvimento causado por uma mudança na maneira como a expressão génica é regulada”, explicam.

Os cientistas concentraram os seus esforços na análise de dados de expressão génica derivados do sequenciamento de RNA. Quando um gene é ativado, a sua sequência de ADN é transcrita para uma molécula de RNA mensageiro. O sequenciamento das moléculas de RNA nas células tumorais revela não apenas quais genes são ativados nessas células, mas também quão ativos eles são (um gene mais ativo produz mais transcritos de RNA).

Os dados de cada paciente foram comparados a um compêndio de mais de 11 mil amostras de sequenciamento de RNA de tumores de conjuntos de dados genómicos públicos. A análise identificou padrões incomuns de expressão génica que poderiam ser usados ​​para identificar genes e vias drogáveis ​​para cada paciente.

Os cientistas descobriram que a análise da expressão génica era potencialmente útil para 68% das 144 amostras de tumor. Por outro lado, as informações de mutação do ADN foram potencialmente úteis para apenas 46% das amostras. Em 36% das amostras, genes e vias foram identificados com base apenas na análise de RNA e não eram aparentes na análise de ADN do tumor.

Este estudo foi conduzido como um consórcio de cinco instituições: a Universidade da Califórnia, nos Estados Unidos, o Hospital Infantil da Colúmbia Britânica, no Canadá, o Hospital Infantil Lucile Packard, nos Estados Unidos, o Hospital Infantil de Orange County, nos Estados Unidos, e o Consórcio Pediátrico de Neuro-Oncologia do Pacífico. Os parceiros clínicos enviaram aos cientistas da Universidade da Califórnia os dados de sequenciamento de RNA para crianças e adultos jovens com cancro recorrente, refratário ou raro que estavam a ser tratados com protocolos de medicina de precisão.

Cada local clínico possuía o seu próprio protocolo de medicina de precisão e a Universidade da Califórnia atuava como uma instituição de terceiros, realizando análises secundárias dos dados de tumor de cada local.

“Isto foi projetado como um estudo de viabilidade para mostrar que podemos fazer isso – obter os dados para pacientes e processar e analisá-los com rapidez suficiente para serem úteis. Pela primeira vez, mostrámos que esta estrutura pode ser usada consistentemente em ensaios clínicos de medicina de precisão separados“.

Embora o estudo não tenha sido projetado para avaliar o impacto clínico, os cientistas observaram correlações entre as descobertas da análise de expressão génica e as respostas clínicas de alguns pacientes.

O estudo também demonstrou o valor da consolidação de conjuntos de dados genómicos disponíveis ao público.

A equipa da Universidade da Califórnia processou todos os dados de sequenciamento de RNA, de conjuntos de dados públicos e parceiros clínicos, de maneira uniforme antes de fazer as análises comparativas. O compêndio de dados consolidados, que agora inclui mais de 12 mil amostras de tumores, está disponível online para cientistas, no site da Treehouse Initiative.

A equipa também construiu um compêndio de dados de sequenciamento de RNA a partir de tecidos normais.

“Quanto maior o compêndio, mais robusta será a análise. É por isso que acreditamos tão fortemente na partilha de dados”, disseram os cientistas.

Fonte: Medical Xpress

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